Johann Sebastian Bach zanechal nesporně neobyčejně rozsáhlé dílo. Úsilí muzikologů se ale nutně soustřeďuje na skladby, v jejichž případě se zdá být Bachovo autorství poněkud sporné. Tak je tomu i v případě Sonáty pro flétnu a cembalo Es dur, BWV 1031. Nedochoval se od ní totiž Bachův autograf, k dispozici je pouze svědectví Bachova posledního žáka Christiana Friedricha Penzela a opis z ruky Bachova syna Carla Philippa Emanuela, kterému bývá také někdy připisována. Další názory se opírají o podobnost se sonátou slavného flétnisty Johanna Joachima Quantze, ale skladba v podstatě dokonale zapadá do série šesti flétnových sonát, které Johann Sebastian zkomponoval během svého působení v Lipsku. Jejich stavba vychází z třívětého Vivaldiho koncertantního modelu, nesou však zároveň – možná překvapivě – všechny rysy tehdejšího galantního slohu.
Proslulý a obtížný cyklus šesti sonát a partit pro sólové housle komponoval Johann Sebastian Bach mezi lety 1717 až 1720 – počátky se tedy datují ještě do jeho výmarského pobytu a dokončení do působení v Köthenu. Inspirací mu bylo zřejmě umění drážďanského virtuosa Johanna Georga Pisendela a skladby nadepsal „Sei solo à Violino senza Basso accompagnato“ (Šest sól pro housle bez doprovodu basu) – což tehdy nebylo obvyklé. Závěrečnou Partitu č. 3 E dur, BWV 1006, přidal Bach k celkově lehce upravenému cyklu dodatečně, v roce 1720. Není o nic méně obtížná, než předchozí, charakterizuje ji však uvolněná taneční atmosféra a bez výjimky durová tónina. Je vystavěna jako ryzí francouzská suita, a vedle obvyklých částí obsahuje i málo obvyklý slavnostní Loure – francouzský barokní tanec, pocházející z Normandie a pojmenovaný podle zvuku stejnojmenného nástroje. Charakter Partity Bach ještě zdůraznil francouzskými názvy jednotlivých částí. Výjimku tvoří pouze italsky pojmenované Preludio, které předznamenává tanečnost celé suity. Bach ho vyšperkoval kouzlem komponujících houslistů, arpeggii přes tři struny. O deset let později Preludio zpracoval do Sinfonie kantáty BWV 29 s koncertantními varhanami. Prvními interprety – ovšem ne na veřejnosti – byli zřejmě Johann Georg Pisendel, nebo Jean Baptiste Volumier, možná i František Benda a samozřejmě sám Johann Sebastian Bach. Díla vyšla poprvé tiskem roku 1802 a romantičtí autoři – například Mendelssohn a Schumann, se je snažili přizpůsobit dobovému vkusu a vybavit klavírním doprovodem. První, kdo sonáty a partity zahrál veřejně v původní podobě, byl až Joseph Joachim koncem 19. století.